Après Suicide Island, Koji MORI continue de sonder l'ame humaine à travers l'esprit de deux adolescents que tout oppose et qui pourtant vont devenir amis et décider alors de changer ensemble l'humanité, en commencant par le Japon. Destroy et Revolution, c'est donc l'histoire d'une révolution entamée par un jeune homme à qui tout réussi mais qui considère que le système actuel est pourri et doit être changé, aidé en cela par un camarade de classe qui, lui, en veut à la société pour la mort de son père. Ils décident d'amener la révolution par la destruction et pour cela de devenir des terroristes.