Jeune lycéen, Hodaka fuit son île pour rejoindre Tokyo. Sans argent ni emploi, il tente de survivre dans la jungle urbaine et trouve un poste dans une revue dédiée au paranormal. Un phénomène météorologique extrême touche alors le Japon, exposé à de constantes pluies. Hodaka est dépêché pour enquêter sur l'existence de prêtresses du temps. Peu convaincu par cette légende, il change soudainement...
L’histoire se déroule dans un monde d’après-guerre où des jeunes femmes appelées Poupée de souvenirs automatiques aident des personnes à mettre sur papier leurs sentiments. Nous suivons le quotidien de Violet Evergarden, ex-soldate sans émotion, Ainsi, elle explore différentes émotions issues des gens qu’elle rencontre. Mais son passé trouble la rattrape.