Cid attaque Koji afin de récupérer Vasargo qui lui était « destiné » mais que Koji lui aurait « volé ». En blessant ce dernier, il réveille la bête qui sommeille en Koji, qui devient alors incontrôlable et évolue de manière fulgurante. Materia fait alors tout son possible pour lui faire recouvrer ses esprits mais sa santé en prend un sacré coup. Cependant, avec l’aide de Nene, Koji va revenir à la raison. La deuxième partie de ce tome révèle une nouvelle unité de l’Eglise de l’Etoile : la division de Tétramaris, une unité sans pitié envers les hérétiques et qui n’hésite pas à sacrifier des civils pour parvenir à ses fins. Ce nouveau tome nous révèle enfin quelques informations sur le but de Materia et de Koji dans leur quête des Ecrits Divins : Materia souhaite sauver ses « frères » et Koji pourrait les utiliser afin de se débarrasser de la bête en lui qui le consume chaque fois un peu plus. Nous avons également quelques bribes d’informations sur ce qui a causé la « transfusion » de Vasargo dans Koji via des flash-back. Dans ce tome, un nouveau personnage intéressant apparaît : Isle, une jeune femme, capitaine de la 72ème division des Tétramaris ayant un genre de double personnalité. En effet, elle peut être docile mais une fois qu’elle a bu une goutte d’alcool, elle devient très autoritaire et surtout impitoyable. Elle connaît également bien Koji. Cependant, elle ne semble pas être spécialement enchantée de l’avoir retrouvé, du moins, pour l’une de ses personnalités. Via des aventures captivantes et également impressionnantes visuellement, Phantom Pain révèle au compte goutte ses mystères grâce à de nouveaux personnages très intéressants et aux caractères différents, semblant avoir un lien très étroit avec le passé de nos héros. Chaque apparition ravive des souvenirs qui nous permettent de comprendre la relation qui unit Koji et Materia qui ne semble pas être uniquement lié à leur but commun (les Ecrits Divins). L’auteur semble maîtriser son histoire afin de garder le mystère le plus longtemps possible en nous faisant des révélations en temps voulu.