Nicolas Sarutobi (Nikumaru en VO) est un jeune garçon qui rêve de devenir un grand espion international. C'est pour y parvenir qu'il s'est inscrit à l'Académie des Ninjas, une des écoles les plus réputées du Japon. Il est amoureux fou de Mandoline (Mako), la fille du directeur de l'école. Ensemble, ils défendront leur Académie qui est en guerre avec l'école voisine des Scorpions. Celle-ci forme également de futurs espions internationaux et ses élèves tenteront par tous les moyens de saboter les installations de l'Académie des Ninjas...