Afin d'éradiquer le terrorisme et le crime organisé en Italie le gouvernement a créé une cellule spéciale d'intervention. Se faisant appeler 'Agence d'Assistance Sociale', cette couverture leur permet de recruter de très jeunes filles afin d'en faire de vraies tueuses ! Chaque fille se voyant attribuer un 'grand frère', jusqu'où ces équipes pourront-elles aller? À la fois doux et violent, Gunslinger Girl fait le point sur les relations humaines dans un milieu des plus meurtrier.