Satsuki Kiryuin n'est pas seulement la déléguée en chef des élèves, elle règne littéralement sur tout le lycée situé dans la baie de Tokyo dans un Japon post-apocalyptique, ne se séparant jamais de son katana. Mais une nouvelle élève, Ryuko Matoi, possédant une moitié de Scissor Blade, va se mettre en travers de son chemin pour retrouver l'assassin de son père.